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その副作用というのは、

『禁止IPアドレスを設定すると、適切なトラックバックも拒否してしまうことがある』

ということです。

トラックバックは各ブロガーが契約しているISPではなく、ブログ側のサーバを経由して送られてくるので、ここでトラックバックに与えられるIPアドレスはISPのものではなく、各ブログのサーバのものです。

ブログのサーバは複数のユーザーが同時に使用しているため、トラックバックを送るときは非常に多くのユーザーが同じIPアドレスから送ってくることになります。

そのため、あるブログから送られてくるトラックバックのIPアドレスを禁止してしまうと、これら同じIPアドレスから送られてくるトラックバックは、拒否したいトラックバックも、本来なら受け付けたいはずの適切なトラックバックも、いっさいがっさいまとめて拒否してしまうというわけです。

かなりわかりにくいと思うので具体例をあげて説明すると、はてなダイアリーからトラックバックが送られてくると「221.186.146.26」というIPアドレスが表示されるのですが、これを禁止IPアドレスとして設定してしまうと、はてなダイアリーからのトラックバックの一切を拒否してしまうという可能性があるということです。

もっとわかりやすく例えると、123-4567という郵便番号の場所にある会社から身に覚えのない請求書が送られてくるので、123-4567の郵便番号から送られてくるすべての郵便物を受け取らないようにしたら、その郵便番号の場所から送られてくる他のまともな郵便物も受け取れなくなってしまった、というようなものです。
（逆にわかりづらいか？ そもそもそんなことしないし……。）

私はこれまで、特定の個人からのトラックバックだけを遮断するようなつもりで禁止IPアドレスの機能を使ってきましたが、実際には他のまともなトラックバックもまとめて遮断してしまっていたようです。

以前からたびたびこのブログのコメントで、「トラックバックを送ったけど反映されませんでした」という書き込みがあり、当初は「いつものライブドアブログの不具合か！」と思っていたのですが、本当の原因はこれだったようです。

うーん、なんでもかんでもライブドアのせいにするのはよくないですね。

もしみなさんのブログに「トラックバックを送ったけど反映されませんでした」という書き込みがあったら、原因は禁止IPアドレスの設定にあるかもしれません。

なお、コメントの場合は自分が使っているISPを経由して送られてくるため、ここで表示されるIPアドレスを禁止すると、同じISPを使っている他のユーザーのコメントを遮断してしまう可能性があります。
こちらも合わせて注意が必要かもしれません。

IPアドレスは以下のサイトでチェックできますので（1日5件までですが）、禁止IPアドレスを設定するときは事前に調べてみることをおすすめします。

■ IPアドレスチェック

【参考記事】
なんでも評点さん：【ブロガー向け】削除されたブログにトラックバックが飛んでくる − この現象がトラックバックSPAM対策のヒントになるかも